Nous retrouvons Spirou, Fantasio et Spip à Edo, capitale du Pays du Soleil Levant, de 1603 à 1864. Paradoxe temporel ? Voyage dans le temps ? Rien de tout ça : nos trois amis sont tout simplement invités à la prestigieuse inauguration de "Edo-resort", un gigantesque parc d’attractions qui reconstitue très fidèlement la vie du Japon médiéval.

Mais Spirou et ses compagnons ne sont pas là pour le plaisir. Ils sont venus en Extrême-Orient à la demande de leur ami magicien, Itoh Kata, qui leur a confié une mission spéciale : récupérer deux enfants aux pouvoirs paranormaux étonnants qui sont détenus par Mangakana, un redoutable gangster aux ambitions immobilières troubles.

Une course-poursuite va mener nos trois héros d’Akihabara, le quartier électronique, à Giza, celui des spectacles, en passant par Shinjuku, le territoire des redoutables yakuza, pour une visite guidée particulièrement mouvementée.