Ce traité représente la première psychologie systématique et la première ébauche d'une biologie. Le Moyen Âge chrétien, juif et arabe n'a cessé d'en discuter les thèses, en cherchant d'abord à déterminer ce qui en nous était réellement immortel ou divin. Plus généralement, cet ouvrage pose le problème des rapports de l'âme et du corps en refusant tout dualisme radical de type platonicien. Affirmer que "l'âme est la forme du corps", c'est refuser que cette forme supérieure, couronnement d'une hiérarchie de formes, existe indépendamment des organes matériels à travers lesquels cette âme se réalise. De même, dire qu'on ne saurait "penser sans image", que la sensibilité et l'imagination ne sont plus, comme chez Platon, des obstacles à la connaissance abstraite, mais des médiations nécessaires, renforce l'immanentisme de cette conception également finaliste. Seul l'intellect reste transcendant, sans lequel "rien ne pense", et c'est donc lui qui peut légitimement être considéré comme immortel.