Kongo, 1685. Le royaume, sous occupation portugaise, n'est qu'une terre de désolation. Une fillette aux yeux de lune voit le jour dans les eaux de la rivière Mpozo. Sa soeur jumelle ne survit pas. L'enfant miraculée est nommée Kimpa Vita, qui signifie " la jumelle née de la guerre ".
En grandissant, Kimpa traverse des épreuves, et bientôt ses discours de résistance magnétisent. Pour ses fidèles, elle incarne l'espoir d'un avenir meilleur, telle une sainte africaine liée aux esprits. Ses détracteurs, eux, la réduisent au rang de sorcière. Kimpa Vita, aussi adulée que haïe, parviendra-t-elle à ranimer un peuple déchiré par les conflits ?
Inspiré d'un personnage réel, La Reine aux yeux de lune conte avec émotion le destin d'une femme sacrifiée.