Kogoro a reçu une lettre étrange: une personne lui demande d'enquêter sur un meurtre qui a eu lieu il y'a 12ans dans une auberge afin que le détective l'innocente. Ce qui est bizarre c'est qu'il n'y a jamais eu de meurtre dans cet endroit. Conan, Ran et Kogoro apprennent cependant que le fils du gérant de l'auberge a trouvé la mort dans une rivière il y'a 12 ans. Le lendemain, c'est ce même gérant qui est retrouvé assassiné. Qui peut être le coupable. Serait ce le Kappa que Ran prétend avoir vu?

Après cela, les Détectives Boys vont visiter des sources chaudes. Ils rencontrent une équipe de cinéma qui doit tourner le troisième volet d'une trilogie. Mais les choses tournent mal quand le réalisateur est retrouvé mort et que les suspects sont les membres de l'équipe.

Plus tard, Kogoro, Ran et Conan sont invités à une soirée le jour du White Day par une compagnie qui veut lancer une nouvelle variété de chocolat. La fête est interrompue quand le président de la compagnie est empoisonné et que le principal suspect devient la femme de ce dernier.

Pour finir, les jeunes détectives trouvant refuge dans une maison, se retrouvent impliqués dans une affaire d'enlèvement.