Shredder est décidé plus que jamais à en finir avec les Tortues Ninja. Il ordonne à Xever de mettre la main sur les quatre frères au plus vite. Celui-ci décide alors de s’en prendre à M. Murakami, le nouvel ami des Tortues, pour les faire sortir de leur repaire. Les ninjas parviendront-ils à déjouer le piège tendu par Xever et à échapper à la menace qui pèse sur eux ?