Bien que les membres de Scar Chain aient perdu Nagi, leur leader, ils ont réussi non seulement à se débarrasser des croque-morts, mais aussi à s’évader de Deadman Wonderland. De leur côté, Ganta et Shiro ont fait le choix de rester. Quant à Tamaki, il continue d’œuvrer dans l’ombre et met en place son nouveau plan : la création d’êtres dotés de pouvoirs, appelés « ninbens »... Avec ce sixième volume, l’histoire connaît un nouveau départ, et le héros doit toujours lutter pour sa survie.