La biologie reconnaît deux entités, l'espèce et l'individu, dont on cherche à expliquer la genèse et le fonctionnement. Cette reconnaissance structure la biologie dans ses champs disciplinaires et dans ses théories. Elle aboutit à une séparation entre les disciplines qui concernent l'espèce (les sciences de l'évolution, la systématique...) et celles qui expliquent l'individu (l'embryologie, la physiologie...). L'auteur propose une nouvelle théorie dite de l'ontophylogenèse qui unifie la biologie : l'évolution des espèces et le développement embryonnaire résultent d'un seul processus de sélection naturelle étendue.